“IRIS 2” retomam a história após 3 anos da morte de Hyun Joon (Lee Byung Heon) em “IRIS” e gira em torno da misteriosa morte de Hyun Joon e San Baek (Kim Young Chul), que foi preso por fazer parte da organização secreta, IRIS. Os agentes da NSS, liderados por Yoo Gun (Jang Hyuk) lutaram para combater e expor a IRIS, que se tornou maior e mais poderosa do que antes.