Ash faz uma pausa para treinar com Donphan e Pikachu, e Donphan descobre um jovem ninja chamado Evian. Ele é da Pokémon Ninja School, onde Trainers e seus Pokémon estudam as artes ninja juntos, e ele acha que Ash e seus amigos podem estar por trás de uma recente onda de eventos estranhos e roubos.