O verdadeiro inimigo, Apocalymon, era o responsável pela criação dos Mestres das Trevas. Apenas a existência do vilão pode destruir a Terra e o Digimundo. Ele ataca Kari, Mimi e Sora, que são protegidas por Angewomon, Lilimon e Garudamon, respectivamente. Ele força os Digimons a regredirem para sua fase infantil. Quando os DigiEscolhidos tentam digievoluir seus Digimons novamente, Apocalymon pega os brasões e os destrói. Ele usa seus poderes e vai fragmentando os DigiEscolhidos e seus Digimons, transformando-os em simples dados de computador.