Enquanto o Vírus do Apocalipse continua se espalhando sobre Tóquio, Daryl mata seu pai, General Yan, e subordinados ao saber sobre o caso do General Yan com sua secretária Emily. Keido anuncia que assumiu o comando do GHQ, no qual a causa do surto do vírus é falsamente relatada na notícia a ser iniciada pela Funeral Parlor. Shu, aprendendo sobre isso com Tsugumi, entra em contato com Yahiro, Souta, Hare, Kanon e Arisa para pedir sua ajuda para salvar o Funeral Parlor depois de revelar a eles seu poder de extrair seus vazios. Enquanto isso, no aeroporto, Haruka consegue escapar dos Anti-Corpos graças ao sacrifício de Eagleman, e encontra Inori e Gai, este último infectado com o vírus Apocalypse, e trabalha com eles para parar o surto. Keido e Segai vão para o Forte de Roppongi com o meteorito para uma instalação escondida dentro da base para iniciar a próxima etapa de seus planos. Haruka consegue programar uma emissora de ressonância de uma torre de rádio, permitindo a Inori cantar sua canção egoísta através dela para parar o surto e curar os infectados. Ao mesmo tempo, Shu e seus amigos romperam a barricada do aeroporto e derrotaram as forças do GHQ usando os vazios de seus amigos, para o alívio dos outros membros do Funeral Parlor. Quando Shu finalmente chega a Inori, um misterioso garoto loiro, mais tarde reconhecido como Yu, de repente se teletransporta para trás de Inori e extrai seu Vazio para matar Shu, apenas para Gai proteger Shu de se machucar. À medida que o surto recomeça, os cristais de vírus em toda a cidade de Tóquio entram em espiral no ar e formam uma torre de cristal.