Shu continua seu comportamento implacável, o que traz preocupação para Yahiro, mas Shu opta por agir dessa maneira para vingar a morte de Hare. Arisa, traumatizada após ser atacada por Inori, é contatada por um indivíduo desconhecido, que a convence a virar os estudantes contra Shu. Arisa seduz Hirohide e convence-o a ter Takaomi secretamente espalhando o boato ressentido para os alunos sobre suas mortes iminentes da destruição potencial de seus vazios, algo que Shu não mencionou. Yahiro, depois de falar com Arisa, vai dizer a Shu que Inori deveria ser punido por ser aquele que atacou Arisa. No entanto, Shu vê Yahiro como um hipócrita e o exila do Serviço Secreto. Mais tarde, os estudantes começam a Operação Exodus, atacando os Endlaves da Unidade Fantasma que protegem a Torre de Tóquio, enquanto Shu consegue alcançar a Torre de Tóquio e explodir seu supercomputador, desativando os Endlaves e fazendo com que a torre caia na barricada. Enquanto os estudantes escapam pela barricada, Arisa e os estudantes se voltam para Shu. No entanto, uma unidade do GHQ Endlave liderada por Gai os ataca, na qual Gai corta o braço de Shu e pega o Genoma do Vácuo em si mesmo, deixando Shu em dor agonizante. Na sede das Nações Unidas, os líderes mundiais descobrem que o Keido encobriu os verdadeiros eventos que ocorrem no Japão. Com o GHQ incapaz de ser confiável, a maioria das Nações Unidas votou pela destruição do Japão para deter o vírus.