Em uma tarde chuvosa, os Detetive Boys testemunham um assassinato do outro lado da rua. Bloqueado pelo tráfego, o culpado foge e Conan Edogawa recebe uma única pista de um detetive moribundo. Dias depois, outro detetive é encontrado assassinado em um estacionamento, deixando a polícia agitada. Com a suspeita de que o culpado é um dos seus, todos no departamento de polícia sem álibi são suspeitos. Mas apesar de estarem em alerta máximo, eles são superados e sofrem outro ataque – desta vez com Ran Mouri se encontrando no fogo cruzado.
Traumatizada, Ran acorda no hospital com amnésia retrógrada, sem se lembrar de nada sobre sua vida. Logo liberada, ela luta para se lembrar de seu passado e fica com medo de não recuperar suas memórias antes de ser alvo do assassino pelo que testemunhou. Como ela é protegida por amigos e familiares, cabe a Conan reunir as pistas e descobrir quem é o assassino antes que eles ataquem novamente.