A Arca de Noé – a mais recente tecnologia de RV e um marco da inovação humana – é uma vitrine para as crianças privilegiadas do Japão. Eles têm a honra de começar uma nova revolução nos jogos; no entanto, sua diversão despreocupada é interrompida quando um funcionário da empresa é encontrado assassinado, com sua mensagem de morte apontando para uma pista escondida dentro da Arca.
Junto com os Detetives Boys e Ran Mouri, Conan Edogawa entra na Arca de Noé para resolver este mistério e garantir o o perpetrador é pego. Mas, uma vez dentro da Arca, ela assume uma mente própria, aprisionando-os e às crianças em seus mundos. Para escapar e levar o assassino à justiça, Conan e companhia devem navegar por uma simulação de Londres do século 19 e rastrear o infame Jack, o Estripador – com as vidas de 50 crianças inocentes dependendo delas.