Sob o manto da escuridão, um samurai mascarado mata seis homens em toda a metrópole do Japão: três em Tóquio, um em Osaka e o último em Kyoto. Em sua investigação, a polícia descobre que cada homem era membro da Genjibotaru – uma gangue de ladrões centrada no roubo de estátuas e artefatos budistas e que atendem pelos nomes de servos de Minomoto no Yoshitune.
Sem um motivo claro ou pistas sobre as identidades dos outros membros, o caso se esgota até que um templo de Kyoto chama pelo famoso Kogorou Mouri. Tendo recebido uma carta anônima contendo um quebra-cabeça peculiar, os monges do templo pedem sua ajuda para resolvê-lo para recuperar sua estátua perdida há muito tempo. Enquanto isso, Conan Edogawa e o detetive escolar Heiji Hattori se unem para resolver o enigmático quebra-cabeça e encontrar o assassino, enquanto Hattori procura seu amor de infância.