Quinze anos atrás, em um trecho árido do Pacífico, um navio de cruzeiro colidiu com um iceberg e se perdeu no mar. Mais de uma década depois, Hideto Yashiro – um engenheiro naval – morreu em um acidente de carro fatal. A conexão improvável entre esses eventos só vem à tona no navio de luxo St. Afrodite durante sua viagem inaugural.
A bordo, em férias muito necessárias, Kogorou Mouri, sua filha Ran, Conan Edogawa e os Detetive Boys desfrutam de uma viagem fornecida pela família de Sonoko Suzuki. Mas a diversão deles logo é interrompida quando um jogo de esconde-esconde leva ao desaparecimento de Sonoko. Algum tempo depois, o CEO do grupo Yashiro, que construiu o Santa Afrodite, é encontrado morto a facadas e seu pai desaparecido. Enquanto a investigação da polícia se transforma em um beco sem saída, Conan se aproxima do culpado. Não querendo ser preso, o culpado ameaça explodir o St. Afrodite e afundar todos os passageiros.