Uma noite, o Instituto Nacional de Microorganismos de Tóquio é atacado por uma organização misteriosa que se autodenomina “Gatos Siameses Vermelhos”. O grupo causa a explosão de um laboratório de alta segurança que armazena um vírus – que se diz ter uma taxa de mortalidade de 80% sem cura conhecida. Este ato de terror domina as manchetes, ofuscando a inauguração da maior aeronave do mundo desenvolvida sob Jirokichi Suzuki. Curiosamente, a inauguração traz uma nota anexada para Kaito “Kaitou Kid” Kuroba, desafiando-o a roubar a joia em exibição – a ilustre Lady Sky.
Conan Edogawa tem permissão para embarcar na aeronave junto com Kogorou Mouri, Ran Mouri, Sonoko Suzuki, a Professora Agasa e os Detetives Boys. No entanto, sua diversão chega ao fim quando um chamador desconhecido entra em contato com Jirokichi e declara que eles liberaram um certo vírus na sala de fumantes. Em seguida, os sintomas começam a aparecer entre os passageiros e o caos se instala. Aproveitando a oportunidade, os Red Siamese Cats aparecem de repente e sequestram a aeronave!