O dia importante da inauguração do novo metrô de Tóquio, a Linha Touto, chegou, mas um bombardeio interrompe todas as comemorações. O governador de Tóquio é pego pela explosão enquanto estava a bordo do trem, mas ele e todos os presentes são felizmente salvos pelo raciocínio rápido e pelas ações de Conan Edogawa.
Intrigado com o incidente, Conan pesquisa a história política do governador e descobre que o homem foi o responsável pela destruição de um vilarejo em Niigata para a construção da barragem Kitanosawa. Acreditando que o ataque esteja relacionado à construção da barragem, Conan, acompanhado por Ran Mouri, Kogorou Mouri, a Professora Agasa, Sonoko Suzuki e os Detetives Boys, decide visitar a aldeia e investigar.