O navio de guerra Aegis Destroyer está realizando exercícios públicos na Baía de Maizuru, onde, coincidentemente, um navio estrangeiro suspeito foi recentemente avistado. Conan Edogawa, Ran Mouri, Kogorou Mouri, Sonoko Suzuki e os Detetive Boys recebem um ingresso para participar deste evento. No entanto, enquanto as operações militares em andamento estão em andamento, um dos membros da tripulação se depara com o braço esquerdo decepado de um tenente. Mais tarde, Conan descobre que um espião estrangeiro pode ter se infiltrado no navio de guerra para obter informações confidenciais por qualquer meio necessário. Se a informação vazar, a linha de defesa do Japão ficará exposta, deixando o país desprotegido de ataques hostis.