Em uma noite escura, a polícia japonesa é invadida por um espião. Agências de inteligência de diferentes países – como o MI6 da Inglaterra, o BND da Alemanha e a CIA dos Estados Unidos – bem como os arquivos secretos do FBI serão levados, mas oficiais de segurança pública liderados por Tooru Amuro chegam bem a tempo. O espião rouba um carro e foge. O espião e Amuro são então presos em um beco sem saída na estrada e, quando está prestes a causar um acidente com vários carros, o carro do espião é atingido pela bala do rifle do agente do FBI Shuichi Akai e cai da estrada.
No dia seguinte, Conan e seus amigos vão a um aquário recém-reformado em Tóquio. Sob a atração principal, uma roda-gigante, Conan encontra uma mulher atraente sozinha e ferida. Seus olhos esquerdo e direito são de cores diferentes.