Na história do filme, há uma explosão repentina na gigantesca instalação Edge of Ocean do Tokyo Summit. No local aparece a sombra de Tooru Amuro, que trabalha na Agência de Segurança da Polícia Nacional como Zero. Além disso, o personagem de “três faces” é conhecido como Rei Furuya como detetive e aprendiz de Kogorou Mouri, e também é conhecido como Bourbon como membro da Organização Negra. Kogorou é preso como suspeito do caso da explosão. Conan conduz uma investigação para provar a inocência de Kogorou, mas Amuro atrapalha.