2199 AD. Yamato tentou deixar para trás a galáxia Grande Nuvem de Magalhães, depois de receber um “Sistema Reverso Cosmo” em seu destino, Iscandar. No entanto, de repente, encontra um grupo misterioso à beira da Grande Nuvem de Magalhães. A equipe descobre que o grupo é chamado de “Gatlantis” e que seu líder é o comandante da força expedicionária de Gutaba que se chama “Goran Dagaamu of Thunder”. O comandante exige que Yamato seja entregue a ele. Yamato, querendo se apressar para a Terra, foge da briga. No entanto, Yamato é atacado por uma arma devastadora chamada “Canhão de Ataque Direto à Chama” que pode transcender o espaço.