Boruto Uzumaki, filho de Naruto Uzumaki, o Sétimo Hokage, se inscreveu na Academia Ninja para aprender a ser um verdadeiro ninja. Os outros estudantes o ignoram por ser “apenas o filho do Hokage”, mas a paixão e a personalidade do Boruto vai acabar com todos esses preconceitos. Quando uma série de misteriosos eventos começa a se desenrolar, cabe a Boruto e seus novos amigos a investigá-los.