Enquanto o mundo está no meio de uma revolução industrial, um monstro parece que não pode ser derrotado, a menos que o seu coração, que é protegido por uma camada de ferro, seja perfurada. Por infectar seres humanos com sua mordida, o monstro pode criar criaturas agressivas e mortos-vivos conhecidos como Kabane. Na ilha Hinomoto, localizado no extremo oriente, as pessoas construíram estações para abrigar-se destas criaturas. As pessoas acessam a estação, assim como mercadorias de transporte entre elas, com a ajuda de uma locomotiva em funcionamento a vapor, chamada Hayajiro. Ikoma, um menino que vive na estação Aragane e ajuda a construir Hayajiro, cria sua própria arma chamada Tsuranukizutsu para derrotar as criaturas. Um dia, enquanto espera por uma oportunidade de usar sua arma, ele conhece uma garota chamada Mumei, que está dispensada da obrigatoriedade de inspeção dos Kabane. Durante a noite, Ikuma encontra Mumei novamente quando ele vê Hayajiro sair do controle. A equipe da locomotiva se transformou nas criaturas. A estação, agora sob ataque de Kabane, é a oportunidade que Ikoma estava procurando.