O ano é 2356 dC – 189 anos depois que uma supernova distante causou uma catástrofe global que destruiu 99% da população mundial. Para acompanhar todas as atividades espaciais, a humanidade construiu estações espaciais colossais chamadas “fundações” em todo o Sistema Solar. Depois de passar nos exames de admissão na Academia Espacial, Shima Katase embarca para a fundação Stellvia, baseada na Terra, para realizar seu sonho de ver a galáxia e impedir que outra catástrofe interestelar destrua a Terra.